1995 lernte sie bei den Dreharbeiten zu David Finchers Schocker "Sieben" Hollywood-Beau Brad Pitt kennen. Das Paar war von 1995 bis 1997 zusammen und sogar verlobt. Doch kurz vor der Hochzeit kam die Trennung. In Interviews gestand Gwyneth, dass am Tag der Trennung ihr Herz gebrochen sei, und dass ihr Leben nie wieder so sein werde, wie zuvor. Doch Gwyneth lässt sich nicht unterkriegen. Obwohl ihr Aussehen anderes vermuten lässt. Die vornehme Blässe, die große, schlanke Figur lassen sie leicht zerbrechlich wirken. Doch sie zerbrach weder an der gescheiterten Beziehung zu Brad, noch an der drei Jahre dauernden On-Off-Geschichte mit Ben Affleck. Sie konzentrierte sich vielmehr auf ihre Karriere. 1998 bekam sie die Rolle der Viola de Lesseps in der Romantikkomödie "Shakespeare In Love". Sowohl das Kinopublikum als auch die Kritiker waren von ihrer Leistung begeistert. Es hagelte Auszeichnungen, unter anderem einen Oscar, einen Golden Globe und den MTV Movie Award für den besten Filmkuss mit Joseph Fiennes. Bis zu diesem bisher größten Erfolg war Gwyneth mit Winona Ryder befreundet. Doch diese beschuldigte sie anschließend, ihr die Rolle der Viola weggeschnappt zu haben.

Ein halbes Jahr später kam ihre erste Tochter zu Welt. Mit der Namensgebung sorgten Gwyneth und Chris für mächtigen Wirbel in den Medien, denn die Kleine wurde mit erstem Vornamen Apple genannt. Wer nennt sein Kind denn nach einem Frucht, wunderten sich die Klatschblätter. 2004 war es noch nicht ganz so verbreitet, seinen Kindern irgendwelche Namen zu geben, die einem gerade in den Sinn kommen. Gegenüber der amerikanischen Talkshowmoderatorin Oprah Winfrey erklärte Gwyneth: "Es hörte sich einfach so süß an und rief so ein niedliches Bild vor meinem inneren Auge hervor". Ihren Sohn, der im April 2005 zur Welt kam, nannte das Paar schlicht Moses. Die Familie lebt in New York und dem Londoner Stadtteil Belsize Park in einem Haus, dass sie von Schauspielerin Kate Winslet gekauft haben.