Wir befinden uns circa 400 Jahre in der Zukunft, genauer gesagt im Jahr 2415. Der Großteil der Menschen wurde von einer Seuche ausgerottet. Nur der von einigen Wissenschaftlern totalitär geführte Stadtstaat Bregna hat überlebt. Hier verschwindet ein jeder, die sich gegen die strenge Ordnung auflehnt. So erging es auch der Familie der Widerstandskämpferin Aeon Flux (
Charlize Theron). Ihr einziges Ziel ist das Ziel hat, Oberhaupt von Bregna zu werden und Trevor Goodchild (
Marton Csokas), zu töten. Doch das Staatsgebäude ist ein Hochsicherungstrakt. Akrobatische Fähigkeiten sind gefragt. Endlich eingedrungen, zögert die Attentäterin im entscheidenden Moment und wird festgenommen. Ihr gelingt zwar die Flucht aus der Gefangenschaft, doch damit fangen ihre Probleme erst an.